După izbucnirea războiului în anul 1806, țarul Alexandru I ordonat trupelor sale să traverseze Nistrul și să ocupe Țările Române, iar dacă la început Rusia a declarat nu avea „nici cea mai mică intenție să cucerească ceva din teritoriul țărilor romanești” ci voia doar sa apere acest teritoriu de trupele turcești, odată cu continuarea războiului ruso-turc s-au conturat jocurile de interese ale Franței, Rusiei și Imperiului Habsburgic.
După întâlnirea dintre Alexandru I și Napoleon Bonaparte, țarul a primit acceptul suveranului francez pentru ocuparea celor două principate dunărene, Valahia și Moldova, pentru a controla gurile Dunării și a stânjeni, astfel, interesele habsburgice din zonă. Având asigurările francezilor, rușii au înaintat propuneri ce prevedeau, că „principatele Moldova, Valahia să se alipească pe veci la Imperiul Rus”, specificându-se că „fluviul Dunărea va fi de acum înainte granița Imperiului Rus”.
Anglia s-a opus însă propunerilor țariste și atunci Rusia s-a declarat mulțumită doar cu ocuparea teritoriului Moldovei dintre Siret și Nistru.
Evoluțiile militare și politice nefavorabile au determinat guvernul țarist să accepte pe moment, doar ocuparea Bugeacului adică viitoarele județe Cahul, Ismail și Cetatea Albă.
Odată cu îmbunătățirea situației de pe front, Imperiul Țarist a cerut ferm cedarea întregului teritoriu dintre Prut și Nistru, iar odată cu încheierea războiului ruso-turc și semnarea tratatului de pace de la București din 16 mai 1812, Imperiul Otoman va ceda Imperiului Rus, Bugeacul și ținuturile Hotin, Soroca, Orhei, Lăpușna, Codru, Tighina și Fălciu, regiune numită de acum înainte, Basarabia.
Vechiul principat al Moldovei a fost din nou destrămat, după ce pierduse deja Bucovina în 1774, a pierdut și Basarabia în 1812.
Cedarea de către Imperiul Otoman a părții de răsărit a Moldovei s-a făcut cu încălcarea tratatelor în vigoare și a dreptului internațional, deoarece Moldova nu era provincie turcească și nu putea fi cedată de către Turcia.
Cu toate acestea, la data de 16 mai 1812 s-a semnat la București Tratatul de Pace dintre Imperiul Rus și Imperiul Otoman, după încheierea războiului ruso-turc din 1806-1812, iar după semnarea acestui tratat, Basarabia va intra în componența Imperiului Țarist.
După anexarea Basarabiei s-a trecut la reorganizarea Basarabiei ca si „gubernie”(provincie) a Imperiului Țarist, iar autoritățile ruse au început un amplu program de rusificare a populației românești ce trăia în această zonă.